日本の労働基準法では、「生理日の就業がいちじるしく困難な女子は生理休暇が取得できる」と定められている。しかし、「勤務が困難かどうか」については医師による診断書の提出のような厳格な証明は不要とされている（1948年5月5日 基発682号）。また、休暇の間の賃金の有無等については規定されておらず、使用者と労働者の間の契約（就業規則など）に委ねられている。
なお、近代以降において、生理休暇を法制化したのは日本が最初である。これに対し、「女性に対する過保護であり、男女平等に反する」という批判を受けている。そのため、「男性差別である」として、あるいは「労働効率を低下させる」として廃止が主張されている。
実際には、病欠・有給休暇と生理休暇の区別は厳格ではなく、生理を原因とする体調不良を単なる体調不良として休暇をとる女性が多いのが実態である。
また、デリケートな問題であることから、上司（特に男性の場合）が本当に生理が原因で就労が困難な状態であるかどうか確認することが困難であることをいいことに不正取得する者も少なくはないとされ、生理休暇を取得して旅行をしたなど休暇の目的に反したことが職場に知られたがために懲戒処分を受けたという例も多くある。
